JoJoan se inicia en motociclismo con 10 años. Se proclamaba campeón balear en distintas categorías de minimotos y minimotard. En 2013 era el único piloto español seleccionado para participar en la Red Bull MotoGP Rookies Cup, en la que logró ser subcampeón. 

Durante la temporada 2015 corría con el equipo Leopard Racing en el FIM CEV Repsol y al mismo tiempo, sustituía a Hiroki Ono por lesión en el GP de Australia del Campeonato del Mundo de Moto3. 

La temporada 2016 suponía su primera temporada completa Moto3. Su momento destacado llegaba con su victoria en el GP de Austria desde la pole.

En 2017 repite equipo, pero esta vez al manillar de una Honda: el balear realizó una temporada espectacular y se llevó el campeonato del mundo en Australia. Este título le permitió ascender a Moto2 en 2018 con el equipo Estrella Galicia 0,0-Marc VDS.

Este 2019 da el salto al Campeonato del Mundo de MotoGp de la mano de Suzuki.